Bueno, en realidad no es así:
A la entrada en Tailandia te sellan el pasaporte por 45 días. Luego puedes renovar la estancia hasta 90 días en cualquier oficina de inmigración. El problema es que en Koh Tao no hay, así que tendrías que desplazarte.
A los 90 días tendrías que salir del país y volver a entrar, pero la gente suele aprovechar para hacer una excursión a algún sitio cercano (Singapur, Camboya, Vietnam,...) y volver. No tienes que esperar 30 días para volver a entrar.
Incluso hay compañías que te ofrecen excursiones para ir a un país limítrofe, cruzar la frontera, sellar el pasaporte y volver a entrar. Se llama "visa run".
No es algo que puedas hacer indefinidamente, pero mientras te sacas el curso puedes sin problema.